Depuis l'année 2005, le musée national des douanes propose à nouveau des expositions temporaires, comme il le faisait durant ses premières années d'existence. Depuis 2009, le rythme de deux expositions temporaires par an a été mis en place, chacune dure 6 mois. Les expositions automne-hiver (d'octobre à mars) sont consacrées à la photographie, elles sont réalisées à partir de la photothèque du Centre de Documentation Historique, ou bien en invitant des artistes à présenter leur travail. Les expositions printemps-été (d'avril à septembre) présentent quant à elles des collections du musée. Il peut être dérogé à cette règle générale selon les occasions et les partenariats engagés.
Les expositions temporaires sont l'occasion d'éditer des carnets d'expositions ainsi que des posters, tous deux en vente à la boutique du musée, au prix de 8 et 2 euros.
Un livret-jeu de l'exposition est généralement édité et proposé gratuitement aux enfants pour les accompagner dans leur découverte.
Pour ceux qui n'ont pu venir apprécier les expositions temporaires passées, le musée national des douanes propose une visite virtuelle : une partie des textes est reproduite et l'intégralité des expôts peut être visionnée.
Premier musée bordelais équipé d'un audioguide audiovisuel, le MND complète les parcours français et anglais par le mandarin.