Le Musée national des douanes a reçu le soutien du Service de l'action culturelle du Rectorat de l'Académie de Bordeaux, notamment pour ses actions en direction du public scolaire lors de la Fête de la Science.
Le service de médiation culturelle est régulièrement sollicité par l'Inspection académique pour participer aux "Portes ouvertes des musées girondins" mais également pour développer des projets de découverte de Bordeaux, comme ce fut le cas en 2006 pour le projet "Carnets de voyages" mené avec la circonscription de La Réole.
Chaque année depuis 2006, le Musée national des douanes accueille l'IUFM de Gironde pour une présentation des ressources pédagogiques disponibles au musée sur le thème du commerce colonial et triangulaire bordelais.
Depuis 2004, le Musée national des douanes est partenaire du Master 2 "Patrimoine monumental et mobilier" de l'UFR d'Histoire de l'art et Archéologie de l'Université de Bordeaux 3. Chaque année, la promotion d'étudiants est accueillie au musée pour découvrir l'origine et le fonctionnement du service de médiation culturelle.
Dès la création de son service de médiation culturelle en 2000, le Musée national des douanes s'est associé au Centre des Classes Citadines. Créé en 1987, le Centre des classes citadines (CCC) est un établissement scolaire qui a le statut d’école de la ville de Bordeaux. Sa mission : faciliter et accompagner la découverte des patrimoines de la métropole girondine par les élèves des classes de la maternelle au collège.
L'INFA est une association à but non lucratif qui oriente, accompagne et forme, chaque année, au travers de ses différentes composantes, des milliers de jeunes et adultes en vue de favoriserl eur réussite par la qualification professionnelle. Le Musée national des douanes est partenaire de la filière "Tourisme" de l'antenne de Bordeaux-Gradignan et accueille chaque année les étudiants pour découvrir ses collections et son service de médiation culturelle.