Depuis son ouverture en 1984, le musée gère les collections historiques de la douane. Témoins tangibles du temps qui passe, des modes de travail et de vie successifs, outils de la mémoire, les collections représentent une ressource inestimable en matière de recherche, de diffusion et d’éducation. Le musée conserve aujourd’hui près de 12.000 objets d'une grande variété. On peut y découvrir du mobilier, des uniformes, des instruments de musique, des cartes, des maquettes, des sculptures,... Objets précieux ou simples outils de travail, tous illustrent les multiples aspects de l'administration des douanes au fil des siècles ainsi que le travail au quotidien de ses agents.
Les arts graphiques sont également présents et fournissent des illustrations visuelles de l'univers parfois très concret, parfois plus poétique de ce métier. Des œuvres d'artistes majeurs sont venues compléter la collection dont le tableau de Claude Monet Cabane des douaniers, effet d’après-midi, unique œuvre de cet artiste dans des collections publiques en Aquitaine, mais également de Salvador Dali, ou encore de Ben.
Grâce à l’action vigilante de nombreux douaniers, de l’Association pour l’Histoire de l’Administration des Douanes, mais aussi à des dons généreux de particuliers auxquels s’ajoutent les moyens d’une politique d’acquisition, la collection s’enrichit régulièrement.

Pour les longues nuits de surveillance des frontières les douaniers étaient équipés de lits d’embuscade totalement repliables et pouvant être portés comme des sacs à dos.
Le peintre Félix Brissot de Warville a représenté la frontière pyrénéenne dans le tableau intitulé Troupeau descendant des montagnes (1868) : il s’agit du bureau des douanes de Laruns (Pyrénées-Atlantiques).
L’aepyornis maximus, oiseau de Madagascar de plus de trois mètres de haut, a disparu au 18e siècle. L’œuf présenté au musée provient d’une saisie douanière des services du Havre au titre de la convention internationale de l’UNESCO contre le trafic des biens culturels.