Situé dans l’ancien Hôtel des Fermes du Roi, classé monument historique, le MND occupe ce qui fut la halle de dédouanement au XVIIIe siècle. Ce fleuron du patrimoine bordelais borde la Place de la Bourse, lieu incontournable pour ceux qui découvrent Bordeaux et son centre historique, classé en 2007 au patrimoine mondial de l’UNESCO.
Le Musée national des douanes ouvre ses portes aux événements privés. Les réceptions ont lieu dans les allées du musée, au cœur même des collections. Les invités ont libre accès aux collections et à l'exposition temporaire. Ils peuvent bénéficier d'une visite guidée.