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Depuis sa première exposition en 1983, le musée n’a cessé de proposer des accrochages temporaires.

Ces expositions régulières sont l’occasion d’approfondir des thèmes peu développés dans le parcours permanent ou d’ouvrir le musée à d’autres horizons.
Photographies, objets historiques, œuvres d’art ou saisies contemporaines sont autant de supports qui permettent une lecture inédite de sujets divers, de la contrebande historique aux missions d’une administration moderne.
La notion plus large de frontière a aussi permis au musée d’accueillir des artistes contemporains, pour un dialogue inédit entre leurs créations plastiques et les collections du musée. Car le MND se veut résolument un musée ouvert sur le monde et toujours curieux de nouveaux partenariats, comme en 2017 avec Médecins Sans Frontières.

La rénovation du musée a notamment pour enjeu de créer un espace dédié aux expositions temporaires. Il permettra de développer une programmation culturelle dynamique et de valoriser les collections sous des éclairages variés.

Il y a 40 ans, le Musée national des douanes ouvrait officiellement ses portes au public.

S’il a réellement reçu ses premiers visiteurs le 22 juin 1984, le musée a été inauguré le 22 septembre 1983. Le journal Sud-Ouest parlait à cette occasion d’un « événement qui marquera la saison culturelle bordelaise en 1983 ». 
Quelques lignes évoquent le « beau monde » présent lors de son inauguration : « Douaniers en grand uniforme, hôtesses à bibis bleus, liseré rouge, hauts fonctionnaires, élus, militaires et dames fort élégantes : on se pressait, hier soir, à l’entrée du nouveau Musée national des douanes. »

Mais pourquoi un musée des douanes et pourquoi à Bordeaux ?

M. Hoguet, directeur interrégional des douanes, répondait aux journalistes de Sud-Ouest : 
« Il y a deux raisons principales. La première est que les douaniers ont une curiosité naturelle pour leur passé, l’un des plus riches, puisque notre administration est aussi la plus ancienne et que son patrimoine est extrêmement dense, bien que fort peu exploité. L’autre raison, c’est que Bordeaux dispose depuis 1738 de l’hôtel des Fermes du Roy et que ce bâtiment, construit selon les plans de l’architecte Jacques Gabriel, est certainement l’un des plus prestigieux témoignages de l’art de son époque. »

La décision finale revint à la Direction générale des douanes et droits indirects. Elle fut prise en 1980, « année du patrimoine », approuvée par le Ministère de l’économie et des finances et par celui des affaires culturelles dont la contribution financière fut sollicitée. 

40 ans plus tard, le musée ferme ses porte pour un vaste chantier de rénovation de son parcours permanent. Il rouvrira en 2025 avec une toute nouvelle scénographie. Le public pourra y appréhender l’histoire de la douane par le biais d’une scénographie moderne et interactive, adaptée à l’architecture du lieu et à l’image d’une administration en constante évolution.